>>33 さん
過去の同じ症状は恐らく、オプション設定は出来るがリスタートするとオプション設定が初期状態に戻る。
というものだったと思います。

上記の場合であれば、>>33さんの言われているとおり確かに書き込み制限は怪しいですね。
書き込み制限を確認する場合は、[C:\Users\ユーザ名\AppData\Local\flowerfairy]に保管されている2ファイルを確認ください。

また、書き込み制限以外ですとウィルスチェックソフトがファイルを書き込ませないようにしている場合も考えられます。その場合は、ゲーム本体の入ったフォルダをウィルスチェックから除外するか、ウィルスソフトを一時停止させて確認するなどの方法も考えられます。

ちなみに、少し気になったのですが。
>>33 さんは、オプション設定自体は反映されていますでしょうか？その後、セーブしリスタート後に反映されていない状態でしょうか？

ご確認の程、宜しくお願い致します。